Con aaPanel hay dos Nginx, y «nginx -t» comprueba el que no está sirviendo

Qué pasa

En un servidor con aaPanel conviven el Nginx del sistema (/usr/sbin/nginx, que lee /etc/nginx/) y el del panel (/www/server/nginx/). El que atiende las webs es el del panel. Si ejecutas nginx -t a secas, compruebas el otro, y el resultado verde no dice nada de tu configuración real.

Cómo evitarlo

Mira qué Nginx está sirviendo:

ps -eo pid,user,args | grep '[n]ginx: master'

Y valida siempre con el binario y la configuración del panel:

/www/server/nginx/sbin/nginx -t -c /www/server/nginx/conf/nginx.conf